Die konfessionellen Auseinandersetzungen nahmen 1578 mit dem Amtsantritt des neuen Raaber Bischofs Georg Draskovich schärfere Formen an. Der Bischof berief 1579 sämtliche Priester seiner Diözese zu einer Synode nach Steinamanger ein. Das Ziel war die Durchsetzung der Beschlüsse des Konzils von Trient. So wie viele evangelische Grundherrn verweigerte auch die Stadt Ödenburg die Entsendung ihrer Prediger. Die Weigerung der Stadt hatte schwerwiegende Folgen. Zunächst erwirkte der Bischof einen Befehl König Rudolfs II., der der Stadt untersagte, an Stelle der 1582 verstorbenen Prediger Musaeus und Rittschändl neue Prediger einzustellen. Der Stadtrat stellte aber Leonhard Pinder als Prediger an der St. Georgskirche ein. Ein anderer, Andreas Pfendtner, kam vom Spital als Prediger an die St. Michaelskirche.

1582 wurde der neue Gregorianische Kalender eingeführt und dessen Annahme vom Bischof befohlen. Die Stadt Ödenburg weigerte sich und ging damit – anders als etwa Güns – auf Konfrontationskurs. 1583 kommt der Bischof nach Ödenburg und zitiert den Bürgermeister Hans Steiner und den Stadtrichter Hans Gering zu sich in die Johanniskirche. Er fordert sie auf, die evangelischen Prediger zu entfernen. 1584 werden Bürgermeister Steiner, der Stadtrichter und vier Ratsmitglieder sowie zwei weitere Bürger nach Wien vorgeladen und dort sieben Wochen lang gefangen gesetzt. Außerdem wurde, wie der Stadtschreiber Nußbaum nach Ödenburg berichtete, mit der Verhaftung der beiden Prediger gedroht. Die Stadt musste nachgeben. Andre Pfentner fand in Deutschkreutz Aufnahme. Wie aufgeheizt die Stimmung war, zeigt die Nachricht, dass er „mit Weinhebern von unsren Pfaffen zur Stadt hinaus geblasen“ (Faut/Klein) wurde. Leonhard Pinder weigerte sich zunächst noch, die Stadt zu verlassen. Der Kantor, der in der Georgskirche das Lied „Erhalt uns Herr bei Deinem Wort“ singen ließ, wurde deshalb ins Gefängnis geworfen. Alle evangelischen Lehrer wurden entlassen. Spillinger und der Bischof hatten sich damit durchgesetzt.(25)Quelle/Hinweis:
Auff diß ist er Zeitvogl aus betroung des Bischoffs von Raab von etlichen herren allhie (denen die hofsuppen des bischoffs vnd der pfaffen fast wochentlich wol gwachmwckt hat) mit großen seuffzen der ganzen schuel bevrlaubt worden. Da er zuvor von einem faisten, Epicurischen Pfaffen und Pfarrherrn allhie, Wolff Spillinger genandt, auff der gassen vor vil volkhes in das Gesicht ist geschlagen worden....“

Die Ödenburger Bürger aber liefen nun in die evangelischen Kirchen der Umgebung aus, vor allem nach Neckenmarkt und Deutschkreutz, die unter den evangelischen Grundherrn Franz Dersffy und Franz Nadasdy standen. Sie hörten dort die Predigten und ließen ihre Kinder von den evangelischen Pfarrern taufen. Wenn sie angezeigt wurden, musste der Rat Strafgelder von ihnen einheben und diese an den katholischen Stadtpfarrer abliefern – und dies, obwohl Bürgermeister und Rat selbst ohne Ausnahme sich zum evangelischen Glauben bekannten.
Der Widerstand der Ödenburger war nicht zuletzt auch deshalb sehr heftig, weil die vom Niederösterreichischen Klosterrat nach dem Tod Spillingers eingesetzten Priester nicht sehr geeignet waren. Johann Schwendtner und sein Nachfolger Konrad Glöckel, Pfarrer von St. Michael, mussten abtreten, da ihre Lebensweise eines Priesters unwürdig war. Christoph Villanus (Hofer), der aus Donnerskirchen nach St. Michael kam, richtete die Pfarrgemeinde auch wirtschaftlich zu Grunde. Die heftigen Beschuldigungen, die gegen die katholischen Priester erhoben wurden, waren natürlich einerseits eine Folge der Ablehnung durch die Bevölkerung. Nach den Klosterratsakten gibt es 1597 nur zwanzig katholische Familien. Andererseits zeigen aber die Klosterratsakten auch, dass die Missstände tatsächlich gravierend waren.
Die Stadt stand um die Jahrhundertwende unter dem Druck des Raaber Bischofs Martin Pethe, der keine Gelegenheit ausließ, um den Ödenburgern Schwierigkeiten zu machen. Anlass dafür war meist der Kirchenzehent, den der Bischof einforderte. Vor allem den Weinzehent verlangte er gleich nach der Lese und noch vor Martini, dem üblichen Abgabetermin, ohne vorher das übliche „stattliche Mahl“ für den Rat der Stadt auszurichten. Nach der Bürgerchronik von Faut/Klein (S. 66/67) habe der Kaiser den Bischof zwar mehrmals ermahnt und ihm befohlen, die Rechte der Ödenburger zu achten. Dieser habe sich allerdings nicht daran gehalten und einfach die Wagen der schlesischen Weinfuhrleute beschlagnahmt. Die Ödenburger mussten darauf hin die Weinhändler von Bewaffneten bis nach Müllendorf eskortieren lassen, was ihnen hohe Kosten verursachte. Hohe Kosten entstanden auch durch die zahlreichen Vorladungen vor das geistliche Gericht in Tyrnau und nach Wien. (26)Quelle/Hinweis:
Faut/Klein berichten auch, dass der Bischof einen Streit um den Kroisbacher Wald benützte, um gegen Ödenburg vorzugehen. Dieser Streit zwischen Mörbischer Bauern, Untertanen der Stadt, und Kroisbacher Bauern, die dem Bischof unterstanden, war einige Jahre zuvor durch eine kaiserliche Kommission zunächst so entschieden worden, dass beide Seiten nicht schlägern sollten. Der Bischof gab den Kroisbachern aber weiterhin die Erlaubnis und als die Mörbischer Bauern ebenfalls schlägerten, drohte der Bischof, sie aufhängen zu lassen. Die Ödenburger pfändeten darauf hin die Kroisbacher Bauern. Der Bischof erhob Klage in Wien. Bürgermeister Hans Pücher, die Räte Lackner, Faut, der Stadtschreiber Sebastian Dobner und einige Bürger wurden nach Wien zitiert. Erneut wurde der Vorwurf erhoben, dass die Ödenburger zu lutherischen Predigten und Sakramenten „auslaufen“ und der Bischof nennt auch Namen von Bürgern, die nach Deutschkreutz gegangen seien. Die Bürger wenden sich an den kaiserlichen Sekretär Lippai um Rat. Dieser sagt ihnen, sie sollen dem Bischof nicht nachgeben, zumal es diesem um andere Dinge als um die Religion gehe. Angeblich soll der Bischof zwölf Fass Wein verlangt haben, dann würden die Ödenburger straffrei zurückkehren können. Die Ödenburger waren aber nur bereit, ein Fass guten Weins zu geben. Der Bischof konnte nichts ausrichten, die Ödenburger kehrten straffrei zurück. Wie groß der Hass auf den Bischof war, zeigen die Eintragungen in die Bürgerchronik: „Diser gottlose verhuerte Pfaff hette gern etlich hundert ducaten von unß gehabt...“ (Faut/Klein, S. 68).

Der Bischof ließ durch seine „Hussarn und suppenhund“ Ödenburger Bürger und Bürgerinnen, die von der Predigt in Deutschkreutz heimreisten, gefangen nehmen und in Kroisbach einsperren. 1604 wird etwa auch der Chronist Melchior Klein zusammen mit einigen Frauen auf dem Rückweg aus Deutschkreutz von den bischöflichen Husaren abgefangen und kommt nach einigen Tagen, nachdem Bürgschaft hinterlegt und der Rat heftig protestierte, wieder frei. Max Faut und Sebastian Dobner wandten sich an Nadasdy, den Deutschreutzer Grundherrn, um Hilfe. Dieser drohte dem Bischof an, er würde nicht nur seine Leute, sondern auch ihn persönlich aus dem Wagen holen und in Deutschreutz einsperren, falls er ihn erwischen würde. Nicht ohne Stolz berichtet die Bürgerchronik, der Bischof habe in Wien vorgebracht, „daß kheine Verbaintere harttnekhrigere Khezer in allen Städten herumb gefunden werden allß die Oedenburger...“. Wenn man diese nicht stets an Leib und Gut strafen und bändigen würde, dann hätte die katholische Reform in der Stadt keine Chance. Und dann heißt es in der Bürgerchronik recht trotzig und selbstbewusst: „Wer ist, der Unns sol Meistern?“

Die ablehnende Haltung der Bevölkerung zeigte sich auch im Schulbesuch: Zwischen 1590 und 1605 besuchten angeblich nur 10 Schüler die katholische Pfarrschule (Bán, S. 91). Die Kinder der Evangelischen besuchten Geheimschulen. Die Söhne der Bürgerfamilien, etwa die Wirth, Lackner, Rosenkrantz, Mock und Faut, studierten an ausländischen Schulen und Universitäten (Wittenberg, Graz, Breslau, Budweis).