Den dritten Landtag in Ödenburg im Jahre 1634 erlebte Lackner nicht mehr. Er starb im Jahre 1631. Während dieses dritten Landtages befand sich auch Kardinal Pázmany in der Stadt. Der bekannte Chormeister und Kantor der – damals evangelischen – Michaelerkirche, Andreas Rauch, komponierte für ihn die Begrüßungsmusik. Pázmany muss mit zwiespältigen Gefühlen nach Ödenburg gekommen sein, war die Stadt doch damals ein Zufluchtsort für viele aus Wien und aus Österreich vertriebene evangelische Adelige (darunter Angehörige der Häuser Jörger, Auersperg, Herberstein, Trautmannsdorf ...).

Unter dem ungarischen Adel hatte in dieser Zeit die Rückkehr zum katholischen Glauben längst begonnen. Er gab nach dem Beispiel der Esterházy vielen Adeligen die Chance zum Aufstieg im Dienste Habsburgs (Zrinyi, Erdödy, Batthányi und andere). Esterházy ging daran, seine Dörfer in der Umgebung der Stadt mit Gewalt zu rekatholisieren. Dieser Prozess lief allerdings nicht ohne Widerstand ab und zog sich noch über Jahrzehnte hin. Ab 1625 stellten durchwegs die katholischen Esterházy die Obergespane des Komitates Ödenburg.

Die Stadt war für die Rekatholisierungsbemühungen Esterházys und Pázmanys ein weit härterer Brocken. Der Wiener und der Nikolsburger Frieden hatten ihr als königlicher Freistadt die Glaubensfreiheit garantiert. Auch die Persönlichkeit und der Einfluss Christoph Lackners ließen Pázmany wohl vor massiven Eingriffen zurück schrecken. Erst nach Lackners Tod wurde ein erster Versuch unternommen, auch in Ödenburg die konfessionellen Verhältnisse zu ändern. Die Gründung eines Jesuitenkollegs sollte den Anfang machen. Der neue Bischof von Raab, Georg Draskovich, und Esterházy sorgten zunächst für die finanzielle Absicherung eines Jesuitenkollegs. Die Benefizien des Johanniterordens, bisher im Besitz der Nádasdy, und das beträchtliche Vermögen der Leib-Christi-Bruderschaft (ein Haus und zahlreiche Weingärten) sowie das Einkommen der Propstei Pornoapáti wurden dem Orden übertragen und ermöglichten den Unterhalt von sechs bis acht Jesuiten und den Unterrichtsbetrieb (32)Quelle/Hinweis:
Maar, G.: Einführung in die Geschichte der westungarischen Stadt Scarabantia – Ödenburg – Sopron. Edition Praesens, Wien 2000. S. 98.
. Der Stadtrat, damals zur Gänze noch evangelisch, ignorierte zunächst die Bestrebungen und schickte eine Delegation nach Regensburg, die von König Ferdinand II. aber nicht einmal empfangen wurde. Der König beauftragte vielmehr Esterházy, die Gründung des Kollegs voran zu treiben. Draskovich überredete den Rektor der Tyrnauer Jesuitenuniversität, György Dobronoki, als Organisator des Kollegs nach Ödenburg zu gehen – sehr zum Ärger Pázmanys, der auf den überaus fähigen Rektor in Tyrnau nicht verzichten wollte. 1637 musste die Stadt schließlich einen Vertrag mit den Jesuiten schließen, der umgehend von Ferdinand III. bestätigt wurde. Noch gelang es in diesem Vertrag, die Jesuiten auf die zwei Benefizienhäuser, Kirchhaus und Corpus Christi-Haus auf der Sandgrube zu beschränken. Sie durften sich also nicht in der Innenstadt niederlassen. Weitere Hauskäufe waren ihnen ebenfalls untersagt. Die Angst, die die Evangelischen vor der Ansiedlung der Jesuiten hatten, bestand zu Recht. Das Jesuitenkolleg entwickelte sich rasch zu einer hervorragenden Schule, die dem evangelischen Gymnasium erfolgreich Konkurrenz machte. Am Anfang bestand es aus drei Klassen mit 32 Schülern, vier Magistri und einem Bruder, 1640 bestanden bereits fünf Klassen. So wie auch in den anderen Jesuitenkollegien besuchten die Söhne der mächtigen Adelsfamilien das Ödenburger Kolleg. Daneben betreuten die Jesuiten die Johannes-Kapelle, wo sie in deutscher Sprache predigten. Aber auch Kinder aus verarmten evangelischen Familien wurden aufgenommen und konnten kostenlos studieren. Dies bereitete der evangelischen Bürgerschaft besonderes Unbehagen. Bald wurden die Räumlichkeiten zu klein und das Kolleg wurde außerhalb der Stadtmauer, in der Bachgasse, erweitert.

Die Gegenreformation zeigte auch in der Stadt Wirkung. Es waren allerdings nicht die Ödenburger Bürger, die katholisch wurden. Vielmehr zogen Katholiken, vor allem das Dienstpersonal des katholischen Adels, der ja zum Teil Häuser in der Stadt besaß, zu. Um die Mitte des 17. Jahrhunderts betrug die Einwohnerzahl etwa 9000 Personen, davon waren bereits etwa 3000 Katholiken. (33)Quelle/Hinweis:
Maar, G.: Einführung in die Geschichte der westungarischen Stadt Scarabantia – Ödenburg – Sopron. Edition Praesens, Wien 2000. S. 99.
Zwischen den alteingesessenen Bürgern und und den Zugezogenen („Hergelaufenen“) kam es immer wieder zu Spannungen und Auseinandersetzungen. Aber nicht nur die konfessionelle Zusammensetzung der Stadtbevölkerung änderte sich, die Zugezogenen waren zu einem hohen Prozentsatz Magyaren. Neben den vier bestehenden deutsch-evangelischen Volksschulen wurde nunmehr auch eine ungarische Schule errichtet.

Das evangelische Gymnasium wurde 1658 im angekauften Türkschen Haus auf der Langen Zeile eingerichtet. Sein erster Rektor war Paul Kövesdy aus Eperies (Preschau). Trotz der starken Konkurrenz durch das Jesuitenkolleg war das evangelische Gymnasium noch immer die wichtigste schulische Einrichtung. Am Gymnasium studierten die Söhne der Bürger und noch evangelisch gebliebener Adeliger. Die Lehrer kamen überwiegend aus Deutschland, aus Tübingen, Regensburg, Hamburg, Iglau, Koburg. Die Absolventen des Gymnasiums studierten zumeist an deutschen Universitäten, im Zeitraum 1657 bis 1672 etwa 20 in Jena, 10 in Wittenberg, 5 in Tübingen und Frankfurt/Oder.

Die Gegenreformation fand ihren Höhepunkt in der so genannten Magnatenverschwörung nach der Schlacht von Mogersdorf und dem „Schandfrieden“ von Vasvár. Die Stadt war zwar nicht direkt verwickelt, aber mit dem Stadtschreiber (Stadtnotar) Stefan Wittnyédi, der 1636 angestellt wurde, lebte eine der an der Verschwörung maßgebend beteiligte Persönlichkeit in der Stadt. Seine Briefe an die Verschwörer wurden abgefangen. Er entging der Verhaftung und Hinrichtung nur durch seinen Tod. Das Verhältnis Wittnyédis zur Stadt ist in mehrfacher Hinsicht sehr interessant. Es zeigt die immer häufiger auftretenden Gegensätze zwischen den deutschen Bürgern und dem zugezogenen magyarischen Kleinadel, der verschiedene Privilegien in Anspruch nahm. Wittnyédi etwa ließ sich in der St. Georgsgasse ein prächtiges Haus erbauen und verlangte das ihm zustehende kostenlose Baumaterial von der Stadt. Die Bürger allerdings hielten dieses Haus für viel zu prunkvoll und verweigerten ihm die Steuerfreiheit für sein Haus. Die hochfahrende und überhebliche Persönlichkeit Wittnyédis forderte die Bürger heraus, sie nannten ihn den „groben Ungarn“. Er seinerseits fühlte sich nicht ausreichend verstanden, hielt die Bürger für kleinkarriert und undankbar. „Burgerleitek“ nannte er sie abschätzig in seinen Briefen. Wittnyédi war ein fanatischer Protestant und hatte große Pläne, er wollte etwa eine evangelische Hochschule errichten. Er verwendete später einen Teil seines beträchtlichen Vermögens, das er im Ochsenhandel erworben hatte, zur Gründung der evangelischen Akademie in Epries. Die politischen Umtriebe des Stadtnotars, etwa dass er geheim immer wieder oppositionelle Adelige in Ödenburg empfing, wurde von den Bürgern nicht gerne gesehen. Mit Recht, wie sich zeigen sollte, denn die Verwicklung des Notars in die Magnatenverschwörung hatte für die Stadt schwerwiegende Folgen.