Erzbischof Szelepcsény und Kammerpräsident Kollonits, Bischof von Wr. Neustadt, benützten auch die Briefe Wittnyédis, um gegen die evangelische Stadt Ödenburg vorzugehen. 1672 verlangte Kollonits, dass bei der Wahl des neuen Stadtrates auch Katholiken berücksichtigt werden. Die Ödenburger weigerten sich zunächst und wurden daraufhin vor das königliche Gericht zitiert. Die Beschuldigung lautete, die Stadt hätte sich seit 1609 nicht an das Gesetz gehalten, das vorschrieb, dass der Rat ohne Rücksicht auf die Religion zu wählen sei. Der Stadt wurde eine Strafe von jährlich 2000 Gulden, insgesamt 126 000 Gulden, auferlegt. Zwar wurde die Strafe dann auf 34 000 Gulden "ermäßigt", war aber immer noch so hoch, dass sie die Stadt unmöglich aufbringen konnte. So musste die Stadt 1000 Eimer Wein liefern und eine große Zahl an Weingärten in Mörbisch und die beiden Dörfer Loipersbach und Klingenbach an die königliche Kammer versetzen.

Das war nun die Chance für den Raaber Bischof Georg Széchenyi, der die Pfandsumme hinterlegte und damit die beiden Dörfer in seinen Besitz brachte. Vor allem auf Loipersbach, das in der Zwischenzeit von Agendorf getrennt worden war und als selbständige evangelische Gemeinde zum Zufluchtsort für die bedrängten Evangelischen aus den Esterházy-Herrschaften geworden war, hatte er es abgesehen. Richter und Rat, die sich weigerten, einen katholischen Priester zu akzeptieren, wurden in Kroisbach eingekerkert und die Kirche mit Gewalt aufgebrochen und in Besitz genommen. Später wurden die Orte den Günser Jesuiten übergeben. In Ödenburg erzwang der Bischof eine neue Zusammensetzung des Stadtrates. Von den 24 Mitgliedern des äußeren Rates mussten sechs zurücktreten und wurden durch Katholiken ersetzt.

1673 ging Kolonits, der Wr. Neustädter Bischof und Kammerpräsident, noch weiter. Er erzwang die Wahl Matthias Preiners, eines Katholiken, zum Stadtrichter. Die Stadträte wurden so aufgeteilt, dass genau die Hälfte von Katholiken und Protestanten gestellt wurde. Bei dieser Regelung sollte es dann bis ins 19. Jahrhundert bleiben.
Bischof Georg Széchenyi begann mit der Vertreibung der evangelischen Pfarrer aus den Stadtdörfern. Die Kirchen von Agendorf, Wolfs und Harkau wurden aufgebrochen und mit Waffengewalt in Besitz genommen. Matthias Rosner, der Pfarrer von Agendorf, musste, wie viele andere, ins Exil. Am 23. Dezember 1673 wagte der Bischof den Zugriff auf die Stadt selbst. Mit 500 Dragonern erschien er vor Ödenburg. Er fand die Stadttore verschlossen und Bürgermeister Leopold Natl ließ den Bischof so lange warten, bis er sich bereit erklärte, die Stadt nur ohne die Soldaten zu betreten. Der Bischof musste sich schwere Vorwürfe wegen der Verletzung der städtischen Freiheiten gefallen lassen. Trotz dieser Standhaftigkeit mussten sich die Ödenburger auf Verhandlungen mit Bischof Kollonits und Thomas Pálfy, dem damaligen ungarischen Kanzler, einlassen. Die Stadt musste nachgeben und sehr harte Auflagen erfüllen. Alle Kirchen, Pfarrhäuser, Schulen, alle Benefizien, Stiftungen, Zechen, die sich in evangelischer Hand befanden, mussten der königlichen Kammer übergeben werden. Das Wittnyédi-Haus und der dazu gehörende Besitz fielen an die katholische Kirche. Alle evangelischen Pfarrer, Lehrer, Schüler mussten entweder die Stadt verlassen oder ihren Beruf aufgeben und einen Treueeid leisten. Das bedeutete die totale Knebelung der Evangelischen in Ödenburg, die noch immer bei weitem die Mehrheit der Bevölkerung stellten.

Trotzdem enthielten die ausgehandelten Bedingungen auch Elemente, die das Weiterleben des evangelischen Glaubens und dessen Behauptung in der Stadt ermöglichten. Dies war in erster Linie der Nähe zu Wien zu verdanken, wo ausländische Gesandte evangelischer Fürstenhäuser lebten, denen man Gelegenheit geben musste, einen evangelischen Gottesdienst zu besuchen. Zwei evangelischen Predigern wurde erlaubt, in Privathäusern Gottesdienste abzuhalten. Auch evangelische Begräbnisse waren in der Stadt weiterhin gestattet, das Spital war weiterhin beiden Konfessionen zugänglich. Am wichtigsten war aber: kein Evangelischer durfte gezwungen werden, seinen Glauben zu wechseln. Eines der Privathäuser. in denen Gottesdienst gehalten wurde, war das Haus der Fürstin Eggenberg, der St. Georgskirche und dem Jesuitenkolleg direkt gegenüber gelegen. Anna Maria Eggenberg war 1671 als Witwe nach Ödenburg gezogen. Sie stammte aus dem kurfürstlich brandenburgischen Herrscherhaus. Ihr Mann war Großmarschall, ihre Söhne waren mit Frauen aus den Häusern Liechtenstein und Schwarzenberg vermählt, ihre Schwester war mit dem sächsischen Kurfürsten vermählt. Sie hatte auch vor ihrer Eheschließung die Beibehaltung ihres evangelischen Glaubens ausbedungen. In Ödenburg stellte sie Pfarrer Matthias Lang als Hofprediger an und ließ im Hof ihres Hauses die bis heute erhaltene Predigtkanzel einbauen. Dort konnten die evangelischen Ödenburger nun ihre Predigten hören.