Bis in die erste Hälfte des 14. Jahrhunderts stand der Stadtrichter (iudex, villicus) an der Spitze der Stadtverwaltung, ihm zur Seite ab etwa 1310 zwölf Geschworene (iurati). Sie wurden ab dem 14. Jahrhundert als „Rat“ bezeichnet. Sie wurden jährlich am St. Georgstag (23. April) von der Bürgerschaft gewählt. Ab den 1320er-Jahren wählten die Ödenburger, d.h. der Innere Rat, nach dem Vorbild der deutschen Städte (anders als in den meisten ungarischen Städten) einen Bürgermeister (magister civium), der schon im 14. Jahrhundert rangmäßig über dem Stadtrichter stand. Bürger waren alle Hausbesitzer. Ab dem 15. Jahrhundert konnten die Bürger am Markustag (25. April), also nach der Ratswahl, öffentlich ihre Meinung sagen und Kritik an der Stadtführung vorbringen.

Der Rat oder Innere Rat setzte sich aus Angehörigen der vornehmsten Patrizierfamilien zusammen, die ihren Sitz gewissermaßen erblich innehatten. Diese relativ geschlossene Gruppe war bestrebt, ihre Position durch Familienverbindungen zu halten und auf die nächste Generation weiter zu geben. Im Laufe der Zeit gelang es ihnen, ihre Macht noch zu erweitern. Ab den 1530er-Jahren wurden die Mitglieder des Äußeren Rates nicht mehr gewählt, sondern von den Ratsbürgern bestimmt. Auskunft über diese Vorgänge, die Parallelen in vielen österreichischen Städten, etwa in Wr. Neustadt, haben, geben die „Gemeinbetrachtungen“, die zu den Hauptversammlungen der Bürger am 25. April aufgenommen wurden. Bürgermeister, Richter und „Ehrsame Gemein(d)e“ hatten mehr Einfluss als je zuvor.

Ein innerer Zirkel von Bürgern, Bürgermeister, Richter und zwei bis drei Ratsbürger („Geheimrat“) bestimmte die Politik der Stadt. So wie in den meisten deutschen Städten wurde der Rat oder Innere Rat ab dem 14. Jahrhundert durch den äußeren Rat oder Rat der 24 ergänzt. Er wird in Ödenburg erstmals im Jahre 1391 erwähnt. Ihm gehörten 8 innerstädtische Ratsmitglieder und 16 Vertreter der Vorstädte, je vier pro Viertel, an. Dahinter standen natürlich tief greifende soziale Veränderungen. Das innerstädtische Patriziat musste den Handwerkern und Ackerbürgern der Vorstädte mehr Rechte einräumen, was nicht ganz freiwillig geschah. Der äußere Rat erwarb einige wichtige Rechte, unter anderem das Recht, von den städtischen Magistraten Abrechnungen zu verlangen. Der weit größere äußere Rat, in den allmählich auch immer mehr Handwerker einzogen, war weit weniger einflussreich. Im äußeren Rat saßen auch die Steuerherrn der Viertel und die Viertelmeister, die für die Verteidigung, den Wachdienst, die jeweiligen Tore zuständig waren, aber auch die zwei Bergmeister, denen die Weinbauangelegenheiten unterstanden. Sie wurden später durch ein oder zwei Ratsgeschworene verstärkt. Ebenfalls zuständig war der Äußere Rat für die Feuerbekämpfung, das Gesundheitswesen, die Musterung der wehrfähigen Bürger, die Instandhaltung der Straßen und Feldwege.

Das eigentliche Machtzentrum der Stadt war aber immer der Innere Rat. Er war für die Stadtpolitik, das heißt für die Beziehungen zu anderen Städten und zur Landesobrigkeit, zuständig, ebenso für die Bürgerrechte und die Rechtsprechung sowie die städtischen Finanzen. Über die Steuerleistung bestimmte allerdings auch der äußere Rat mit und er hatte auch die Möglichkeit, die Finanzen zu kontrollieren. Der Rat der Stadt entschied, ob jemand als Bürger aufgenommen wurde. Voraussetzung war, wie schon gesagt, Hausbesitz in der Stadt. Prinzipiell war es auch für Bewohner der Stadtdörfer möglich, die Bürgerschaft zu erlangen. Sie mussten in vielen Fällen aber Ablösegeld als Leibeigene zahlen. Das Bürgerbuch zeigt, dass nicht wenige Ödenburger Bürger aus den Dörfern der Umgebung stammten.

Sehr interessant ist die Art der Verwaltung der sieben (im 16. Jahrhundert nach dem Erwerb von Loipersbach) acht Stadtdörfer. Je ein Ratsbürger war für ein Dorf zuständig, man bezeichnete ihn als „Graf“ des jeweiligen Dorfes. Der Rat war auch für die Aufsicht über die Kirchen zuständig. Dafür wurden Kirchenväter oder Kirchenmeister gewählt.

Im 15. Jahrhundert differenzierte sich die Selbstverwaltung der Stadt immer mehr aus. Ab 1429 ist das Kammermeisteramt nachzuweisen. Es wurde jeweils ein Jahr lang von einem Ratsmitglied geführt. Parallel dazu nahm auch die Verschriftlichung der Stadtverwaltung zu. Waren im 13. Jahrhundert noch die Johanniter für schriftliche Dokumente zuständig, so übernahm nach der Verleihung des Stadtrechtes immer mehr die Stadt die schriftliche Fixierung der Verwaltungsakte, und zwar ausschließlich in deutscher Sprache. Vermutlich gab es schon 1354 das Amt des Stadtschreibers, das im 15. und 16. Jahrhundert immer wichtiger wurde. Nicht wenige Stadtschreiber stiegen, meist durch Einheirat, in das Patriziat auf und hatten großen Einfluss im Rat. Bürgermeister, Kammermeister und Kirchenmeister legten schriftliche Abrechnungen über ihre Amtszeit vor. Ab etwa 1400 folgten Zehentregister, Steuerlisten, Spitalsrechnungen ...Schließlich wurden die „Stadtbücher“ angelegt, die aber noch nicht ganz konsequent die Verwaltungsbereiche trennten. Die wichtigsten waren das Gerichtsbuch, das Erste Grundbuch, das Gedenkbuch, das Priesterbuch.