Die große Unsicherheit durch die beiden Türkenzüge von 1529 und 1532, der Tod König Ludwigs II. und der Streit um die Nachfolge trugen dazu bei, dass die Krise der Kirche vertieft wurde. Lutherische Lehren fassten immer mehr Fuß. Vor allem die Königinwitwe Maria trug dazu bei. Der Bischof von Raab war 1526 bei Mohacs gefallen, das Bistum blieb neun Jahre lang unbesetzt. Der nächste Bischof, Franz Ujlaki, blieb untätig. So wurden die Pfarrstellen der Stadt und die Benefizien zum Teil mit Priestern österreichischer Herkunft besetzt, die schon stark von Luthers Lehren beeinflusst waren. Trotzdem wurde Ödenburg damals noch nicht „evangelisch“. Es war ja noch keine klare Trennung zwischen den Konfessionen vollzogen. So wie in vielen Gebieten Mitteleuropas begann eine Art Übergangszeit, in der alte und neue Elemente in der Glaubensauffassung und auch im kirchlichen Leben nebeneinander standen. Die Priester und Pfarrer waren größtenteils verheiratet, so wie etwa Peter Rotfuchs, der 1543 in die Stadt kam. Aus der Steiermark stammte der Pfarrer Gregor Panholz, der offenbar aus religiösen Gründen vertrieben wurde. Er kam mit Frau und sieben Kindern in die Stadt. Auch der Pfarrer von St. Georg, der Archidiakon Janko Benedek Czenki, war verheiratet. Andere deutliche Zeichen für das Vordringen lutherischer Lehren waren der starke Rückgang religiöser Stiftungen für Seelenmessen und Benefiziaten. Von den über 20 Bruderschaften, die das Leben im spätmittelalterlichen Ödenburg geprägt hatten, bestanden in den 1550er-Jahren nur mehr sechs. Ihr Vermögen ging auf die Stadt über. Die Kommunion wurde bereits in beiderlei Gestalt gereicht (Ferdinand hatte den Laienkelch erlaubt), die Fastengebote wurden nicht mehr eingehalten. Das Nebeneinander der verschiedenen Glaubensauffassungen wird etwa in der Michaelerkirche greifbar, wo um 8 Uhr eine „katholische“ Messe gefeiert wurde, anschließend aber eine „lutherische“ Predigt gehalten wurde.
Fochter brachte die übrige katholische Geistlichkeit gegen sich auf. So wird berichtet, dass der Dechant Dalmady im betrunkenen Zustand ihn auf dem Markt mit gezogenem Schwert beschimpfte. Der Probst von Csorna, Imre Kereszturi, erstattete gegen Fochter Anzeige, worauf Fochter, von Bürgern begleitet, in sein Quartier einbrach und den armen Probst fürchterlich verprügelte.
Mit dem Studium Ödenburger Bürgersöhne in den Zentren der Reformation, also vor allem in Wittenberg, kündigte sich bereits eine neue Phase intensiverer Durchdringung durch das Luthertum an. Georg Faber, Johann Schreiner und Michael Wirth studierten in Wittenberg. In der Chronik Faut-Klein werden im Jahr 1557 auch noch Jacob Ratt oder Ruffinus und Carolus Rosenkrantz als Wittenberger Studenten aus Ödenburg erwähnt. Die Türkenzüge, die Zusammenarbeit habsburgfeindlicher Magyaren mit den Türken, hatten auch „nationale“ Spannungen zur Folge. Schon 1529 und 1532 waren zahlreiche geflohene Adelige aus Innerungarn in die Stadt gekommen. Ödenburg weigerte sich zunächst, diese aufzunehmen.
