Am 25. Feber 1674 musste der langjährige evangelische Pfarrer von St. Michael, Christian Sobitsch, Abschied nehmen. Er war nur einer unter vielen. 730 evangelische Pfarrer wurden vor das Pressburger Sondergericht zitiert, 42 wurden als Sklaven auf venezianische Galeeren verkauft. Die Jesuiten demonstrierten ihren Sieg, indem sie nun in die Innenstadt einzogen. Sie übernahmen die St. Georgskirche, das Vitnyédi-Haus und weitere Häuser neben der Kirche, wohin sie nun ihr Gymnasium aus der Vorstadt, aus der Sandgrube, verlegten. Die Kirche wurde im barocken Stil umgebaut und um Altarkapellen erweitert.

 

Die evangelische Gemeinde kaufte in der Kirchengasse (früher Fleischhackergasse) das Schubert-Haus und errichtete in dessen Garten ein hölzernes Bethaus. Auch ein neuer evangelischer Friedhof musste hinter dem evangelischen Gymnasium in der Langen Zeile angelegt werden. In der Folgezeit kam es immer wieder zu Spannungen und schweren Zwischenfällen, die ahnen lassen, wie groß die Gegensätze vor allem zwischen den kirchlichen Funktionsträgern und der Bürgerschaft waren. Die Situation verschärfte sich, als im September 1674 per Erlass des ungarischen Kanzlers die beiden evangelischen Prediger nach Eisenstadt umgesiedelt wurden und erst zu Ostern nach Ödenburg zurück durften. Noch dazu war die Benützung der Holzkirche untersagt, so dass die beiden Prediger für einige Zeit auch im Eggenbergschen Haus predigten. Die ganze Aktion war möglicherweise vom katholischen Pfarrer in St. Michael, Georg Zichy, inszeniert. Als er zu Weihnachten 1674 in St. Michael ungarisch predigte, wurde er durch Rufe der Kirchgeher unterbrochen, die eine deutsche Predigt verlangten. Infolge der Aufregung brach Zichy auf der Kanzel tot zusammen.

 

Die drei Jahrzhente nach 1673, die Zeit bis 1705, waren für die Stadt Ödenburg und ihre Dörfer katastrophal. Feuer, Pest, Türken und Kuruzzen beendeten endgültig das goldene Zeitalter der königlich ungarischen Freistadt Ödenburg.

 

Am 26. November 1676 brach in einem Haus in der Langen Gasse, wo Kinder Kastanien brieten, ein Feuer aus. Die gesamte Innenstadt und Teile der Vorstadt brannten nieder, darunter auch der Stadtturm und Teile des Rathauses. Nur der Ratssaal blieb verschont. Auch das evangelische Bethaus, das ja aus Holz war, brannte vollständig nieder. Es konnte aber bis Ostern des folgenden Jahres mit Hilfe von Spenden aus Österreich, Deutschland und den skandinavischen Ländern rasch wieder aufgebaut werden. Die Spenden reichten auch, um das Nachbarhaus zu kaufen. Die Stadt wurde auf drei Jahre von Steuern befreit. Der Wiederaufbau verlangte hohe Opfer. Der Stadtturm wurde in der noch heute bestehenden Form wieder aufgebaut. Die Orden mussten ihre Kirchen ebenfalls mit großem Aufwand restaurieren. Auch die Stadtdörfer wurden zu sehr hohen Leistungen heran gezogen.

 

Nur zwei Jahre später brach eine Pestepidemie aus. Nach der Chronik des Hans Tschanyi starben 2516 Ödenburger, bei einer Einwohnerzahl von etwa 8500 Menschen, also nahezu ein Drittel. Während der Pestepidemie kam auch das Wirtschaftsleben zum Erliegen, da keine Märkte abgehalten werden durften. Auch die Schulen blieben geschlossen.