Das Jahr 1683 brachte schließlich den schwersten Schlag für die Stadt und besonders für die Stadtdörfer. Das Heer Kara Mustaphas zog gegen Wien, in seinem Gefolge befanden sich nicht nur die tatarischen Hilfstruppen, die gefürchteten „Renner und Brenner“. Auch Thökölys Kuruzzen schlossen sich den Türken an. Ödenburg zog am 12. Juli 1683 die weißen Fahnen auf. Es musste sich - wie alle Städte, die auf dem Einfallsweg der Türken lagen, ergeben. In die Stadt wurde eine Salva Quardia, also eine Schutztruppe, verlegt, die sie vor den Plünderungen schützen sollte. Die Jesuiten wurden aus der Stadt vertrieben, sie erhielten freien Abzug mit all ihren Büchern und Schriften nach Talberg bei Graz. Die Evangelischen übernahmen wieder die Kirchen, obwohl Preininger das zu verhindern suchte.

Thököly setzte Franz Barkóczy als Stadtkommandant in Ödenburg ein. Ihm gelang es, Übergriffe auf die Stadt weitgehend zu verhindern. Die Stadt musste allerdings riesige Mengen an Lebensmitteln an die türkische Belagerungsarmee vor Wien liefern. Im Juli 1683 etwa fuhren 50 Ochsenwagen mit Mehl und Schmalz Richtung Wien, im August folgten weitere Lieferungen. Trotzdem war der Großwesir unzufrieden, denn er war der Meinung, Ödenburgs Reichtum könne sich mit dem halb Ungarns messen. (zitiert nach Maar, S.106). Der enorme Druck, der auf der Stadt lastete, ließ die inneren Gegensätze zurück treten. Matthias Preiner wurde geschickt, um mit den Türken zu verhandeln.

Die Salva Quardia konnte allerdings nicht die Stadtdörfer vor einem schlimmen Schicksal bewahren. Türken und Kuruzzen, vor allem aber die Tataren, plünderten in der Vorstadt von Ödenburg und suchten die Stadtdörfer mehrmals heim. Die Männer wurden umgebracht, die Frauen vergewaltigt, die Kinder in die Sklaverei verschleppt. Besonders schwer dürfte es neben dem bischöflichen Kroisbach, wo auch das Schloss des Bischofs zerstört wurde, die beiden an die Jesuiten verpfändeten Dörfer Klingenbach und Loipersbach getroffen haben, wo ein Großteil der Bevölkerung offenbar ums Leben kam.

Nach der Niederlage der Türken vor Wien und deren Flucht wurde auch die kuruzzische Besatzung aus Ödenburg abgezogen. Der Aufstand Thökölys erlahmte, seine Truppen gingen zum Teil zur Kaiserlichen Armee über. Die Jesuiten kehrten in die Stadt zurück und die Katholiken nahmen die Kirchen wieder in Besitz. Die wirtschaftliche Situation aber blieb katastrophal, vor allem in den Stadtdörfern. Es wird berichtet, dass die Menschen Gras und Rinde essen mussten und dass sich große Scharen von Bettlern in der Stadt aufhielten. Die Stadt versuchte, das Problem durch die Registrierung der Bettler und die Ausgabe von Plaketten in den Griff zu bekommen. Die weitere Entwicklung trug trotz des Endes der Türkengefahr keineswegs zur Verbesserung der Situation bei. Es kamen die Jahre der Einquartierung kaiserlicher Soldaten, bis 1687 von Truppen Karls von Lothringen, später weitere Truppen, die in der Stadt ihr Winterquartier hatten und in den Bürgerhäusern einquartiert und versorgt werden mussten.

1687 fand der für die Geschichte Ungarns überaus wichtige Landtag von Preßburg statt, auf dem die Stadt Ödenburg durch den Bürgermeister Matthias Preiner vertreten war. Das Haus Habsburg erhielt die erbliche Thronfolge in Ungarn zugesichert. Die Religionsbestimmungen des Ödenburger Landtages von 1681 wurden bestätigt, allerdings nicht auf einer rechtlichen Basis, sondern „aus Gnade und Milde einstweilen noch“. Die Religionsfreiheit erstreckte sich aber nicht auf die Dörfer der Stadtherrschaft. Deren evangelische Bewohner mussten die Dienste der katholischen Kirche in Anspruch nehmen oder zumindest dafür bezahlen. Auch der Kirchenzehent musste weiterhin an den katholischen Pfarrer abgeliefert werden. Private Religionsausübung war weiterhin im kleinen Kreis möglich und es gab auch die Möglichkeit, Gottesdienste in Ödenburg zu besuchen. Zu den etwa 1000 Ödenburger Evangelischen, die die sonntäglichen Gottesdienste besuchten, kamen bis zu weiteren 1000 Kirchgänger aus den Dörfern.

Die katholische Kirche in der Stadt gewann insofern an Boden und an Ansehen, als mit Lorenz Pock im Jahre 1686 erstmals ein gebürtiger Ödenburger und deutscher Geistlicher Stadtpfarrer in St. Michael wurde. Er war ein hervorragender Pfarrer und genoss großes Ansehen. In seiner Amtszeit wurde die Michaelerkirche renoviert und barockisiert. Dazu leistete Paul Esterházy erhebliche finanzielle Beiträge. Ebenfalls aus dieser Zeit stammt eines der bedeutendsten Barockkunstwerke der Stadt, die 1697 auf dem Hauptplatz errichtete Dreifaltigkeitssäule, gestiftet von Franz Esterházy und seiner Gemahlin Katharina Thököly.