Die kulturellen Äußerungen der Stadt waren im 18. Jahrhundert noch in hohem Ausmaß an die Kirchen und an die konfessionellen Schulen gebunden. Die Einheit kirchlicher Einrichtungen und Bürgerstadt musste nunmehr allerdings nach der konfessionellen Trennung neu organisiert werden.
Die Katholiken gründeten den katholischen Konvent. Die Benefizien, die kirchlichen Stiftungen und das Vermögen der Bruderschaften fiel 1674 wieder an die katholische Kirche. Im Jahre 1700 übertrug Bischof Christian August von Raab (1696–1725), ein zum Katholizismus konvertierter sächsischer Kurfürst, das Vermögen der sechs noch bestehenden Bruderschaften an den „Katholischen Status“, ab 1707 Katholischer Konvent genannt. Er wurde vom damaligen Stadtrichter Johann Wilhelm Beck und vom Stadtpfarrer Laurentius Peck organisiert. Dem Konvent saß der jeweilige katholische Bürgermeister oder Stadtrichter vor, Mitglieder waren die katholischen Ratsherrn. Das Vermögen, zu dem die Allergläubigen Zech und die Elend Zech am meisten beitrugen, wurde vom damaligen Stadtrat Johann Paul Greiner, Kämmerer und erster königlicher Postmeister in der Stadt, erfasst. Das noch immer beträchtliche Vermögen bestand aus Häusern, ausgedehnten Weingärten und einer Weinschenke. Die Einnahmen aus diesem Besitz dienten sozialen Zwecken wie etwa Armenbegräbnissen, Unterstützung armer Kinder und Lehrlinge, aber auch dem Erhalt der Kirchen und Friedhöfe. Die Benefizien aber wurden weiterhin von hohen kirchlichen Würdenträgern in Anspruch genommen. Dieses Problem beschäftigte die katholische Kirche in der Stadt noch längere Zeit. Erst im ausgehenden 18. Jahrhundert wurden die Benefizien aufgelöst und mit dem Geld die Grundlage für die Schaffung eines Domkapitels gelegt. Das Domkapitel bestand aus einem Dompropst und vier Kapitularen (Domherrn). Die 33 Benefizien umfassten 4162 Stiftungsmessen jährlich. Diese wurden durch ein tägliches Chorgebet und eine Stiftungsmesse sowie einen jährlichen Trauergottesdienst ersetzt. Das Domkapitel bestand bis in die Zeit nach dem Zweiten Weltkrieg.
Katholische Pfarrkirche war nunmehr die Heiligen Geist-Kapelle, die mit Altären und Fresken des berühmten Barockkünstlers Stephan Dorfmeister geschmückt wurde. St. Michael wurde nur an Sonntagen benützt, St. Georg unterstand den Jesuiten, die sie mit Barockaltären ausstatteten, und die Geißkirche am Hauptplatz den Franziskanern.
Auch die Evangelischen hatten ihren Konvent oder Kirchenrat mit dem Konventshaus in der St. Georgsgasse (von der Fürstin Eggenberg gestiftet). Auch im evangelischen Konvent saßen die Ratsherrn aus den führenden Patrizierfamilien. Nach dem Verlust aller Kirchen 1674 fanden die evangelischen Gottesdienste zunächst im Hause Lackners und später im Eggenberg-Haus statt. 1676 wurde im Hof des Schillerschen Hauses in der Bäckergasse (heute Kirchengasse) eine Kirche aus Holz gebaut. Es war ein sehr bescheidener und viel zu kleiner Bretterbau. Schon kurz nach der Errichtung wurde dieser Bau gesperrt, die beiden Prediger (Sowitsch und Barth) wurden nach Eisenstadt verbannt. Auch nachdem ihnen die Rückkehr nach etwa einem Jahr erlaubt wurde, blieb die Kirche gesperrt und sie mussten zusammen mit dem Hofprediger im Eggenberg-Haus ihre Gottesdienste abhalten. Der dänische Gesandte in Wien, Andreas Paul Lilienkorn, erwirkte schließlich die Erlaubnis zur Benützung der Holzkirche. Diese erste Holzkirche brannte, zusammen mit einem beträchtlichen Teil der Innenstadt, ab. Schon 1677 wurde erneut eine Holzkirche fertig gestellt, wozu Spenden aus Österreich, Deutschland und Skandinavien beitrugen. Mit den Spenden konnten das Schubertsche und das daneben liegende Kramapfelsche Haus gekauft werden. Weder die Kirche noch der Platz konnten die zahlreichen Gottesdienstbesucher an Sonntag fassen. Zusätzlich zu den Evangelischen der Stadt kamen ja auch die Bewohner der evangelischen Stadtdörfer und Besucher aus Niederösterreich und vor allem aus Wien. Zwischen 1722 und 1724 wurde der erste Steinbau errichtet, der für die etwa 2000 Gottesdienstbesucher aber noch immer viel zu klein war. 1775 erlaubte Maria Theresia eine Vergrößerung, auf die man aber schließlich verzichtete und mit Erlaubnis Josefs II., 1782, noch vor dem Toleranzpatent, einen Neubau beschloss. Es ist dies die heute noch stehende, beeindruckende Kirche. Der mächtige klassizistische Turm kam aber erst im 19. Jahrhundert hinzu. Der Kirchenbau war für die bauliche Entwicklung insofern von Bedeutung, als dabei erstmals ein Stück der Stadtmauer abgerissen und der Stadtgraben zugeschüttet wurde.
Autor: Michael Floiger